据宁启铁路二期最新消息，宁启铁路南通至启东段初步设计获中国铁路总公司和江苏省政府联合批复。该工程投资估算总额65亿元，全长93.6公里，预计今年年底前正式开工。另外，南通至南通东段16.4公里线路实施同步电气化改造，项目工期为3年。
宁启铁路南通至启东段和启东至吕四段在路网中承担不同的功能，因此两段的设计标准有所不同：宁启铁路南通至启东段为国铁Ⅰ级，电力牵引，即行车速度为每小时160公里预留200公里。启东至吕四段为国铁Ⅱ级，设计时速为每小时120公里。
宁启铁路南通至启东段(又称宁启铁路二期工程)是宁启铁路南京至南通的延伸工程，也是国家中长期铁路网规划的组成部分。报告获批，标志着宁启铁路二期工程向开工建设迈出关键一步。宁启铁路二期由中国铁路总公司和江苏省共同投资建设。线路从既有南通东站引出，向东经海门、临江至启东后，转向北至吕四港，全线设南通、南通东站、海门站、临江站、启东站、吕四站。其中，南通、南通东为既有站，海门、启东为中间站，临江为会让站，吕四为工业站。项目建设工期为3年。
目前，宁启铁路运行的主要有以下列车车次：
Z30/29：扬州-北京(直达特快)
Z51/52：南通-北京(途径如皋、海安、盐城、淮安、徐州)
K245/8,K246/7：扬州-成都(途径泰州、盐城、淮安、徐州、开封、郑州、洛阳、三门峡、西安、宝鸡、德阳等城市)
K384/1,K382/3：南通-汉口(途径泰州，扬州、合肥、阜阳、麻城等城市)
K224/1,K222/3：泰州-广州(途径扬州、南京、马鞍山、芜湖、黄山、宜春、株洲、衡阳等城市)
T155/8,T156/7：泰州-哈尔滨(途径盐城、淮安、徐州、北京、沈阳、长春等城市)
K62/59,K60/61：扬州-西安(途径合肥、阜阳、商丘、郑州、洛阳、渭南等城市)
K91/4,K92/3 ： 泰州-深圳西(途径扬州、合肥、九江、南昌、吉安、赣州、东莞等城市)
K417/420,K418/9：泰州-兰州(途径盐城、淮安、徐州、开封、郑州、洛阳、西安、宝鸡、天水等城市)
T7788/5,T7786/7：南通-兰溪(途径如皋、海安、泰州、扬州、南京、常州、无锡、苏州、昆山、上海等城市)
T294/291，T292/293：南通-重庆北(途径泰州、扬州、合肥、信阳、南阳、襄阳、宜昌、长寿等城市)
K563/6,K564/5：南通-太原(途径盐城、淮安、徐州、商丘、菏泽、衡水、石家庄等城市)
K8501/4,K8502/3，K8453/6,K8454/5：南京-南通(途径扬州、泰州、海安等城市)
K8505/6,k8599/600：南通-淮安(途径如皋、海安、东台、盐城等城市)
K8464/1/2/3：如东-南京(途径栟茶、海安、泰州、扬州等城市)
k8576/7/5/8，K8626/7/5/8：南京-盐城(途经扬州、泰州、东台、盐城等城市)
k771/k772：南通-济南(途径盐城、淮安、新沂、徐州、枣庄、兖州、泰山等城市)
T216/T217,T215:泰州-北京(途经盐城，阜宁，淮安，沭阳，新沂，徐州，德州等城市)
