中国铁路总公司的“三定”工作日前完成。与“三定”之前相比，变化最大的是原铁道部的所有“司”均被改成为“部”，并增设物资管理部、资本运营和开发部、审计和考核局三个部门。
中国铁路总公司机关内设机构包括10个部：发展战略与法律事务部、计划统计部、财务部、科技管理部、人事部、劳动和卫生部、国际合作部、资本运营和开发部、物资管理部、建设管理部、宣传部；5个局：运输局、安全监督局、审计和考核局、监察局、离退休干部局；此外还有中华全国铁路总工会、全国铁道团委、直属机关党委。原铁道部最重要部门运输局没有变化，仍下辖10个部门，包括综合部、营运部、调度部、机务部、车辆部、供电部、工务部、电务部、信息化部。
在机构名称变化上，财新记者发现，原铁道部政策法规司更名为发展战略与法律事务部；发展计划司更名为计划统计部；科学技术司更名为科技管理部；安全监察司更名为安全监督局；纪律检查委员会更名为监察局；政治部宣传部更名为宣传部。新增物资管理部、资本运营和开发部、审计和考核局；撤销了原铁道部公安局(公安部十局)。
原铁道部下属各企业也全部归属中国铁路总公司，未有任何变化，包括全国十八个铁路局，两家上市企业，大秦铁路股份有限公司和广深铁路股份有限公司，三个直属专业运输公司。此外中国铁道科学研究院、中国铁路建设投资公司、铁道第三勘察设计院集团有限公司、中国铁道出中铁银通支付有限公司也尽数归于中国铁路总公司麾下。
值得关注的是，在财新记者得到中国铁路总公司下属单位情况表中，仍存在人民铁道报社、中国铁道博物馆、中国铁路文工团、中国火车头体育工作队等23家事业编制单位。此外令人不解的是，这23个事业编制单位中，有18个单位仍以“铁道部”冠名，如铁道部统计中心、铁道部审计中心、铁道部专运处、铁道部培训中心等。财新记者就此询问了中国铁路总公司相关人士，对方表示目前这几家单位的名称不规范，以后应该会改，但具体何时改尚不清楚。
2013年3月10日，国务院机构改革方案公布，已经存在64年的铁道部被撤销，成立由交通运输部管理的国家铁路局，承担行政职责；组建中国铁路总公司，承担企业职责。3月14日，国务院发布公告称，中国铁路总公司为中央管理的国有独资企业，注册资金10360亿元人民币，由交通运输部、国家铁路局监管。中国铁路总公司承继原铁道部负债。
中国铁路总公司总经理、党组书记为原铁道部部长、党组书记***；副总经理为原铁道部副部长、党组成员彭开宙，原铁道部副部长、党组成员胡亚东，原铁道部副部长、党组成员卢春房，原铁道部副部长、党组成员、直属机关王志国4人；中国铁路总公司纪检组组长为原铁道部、党组成员安立敏。
此前，国家铁路局三定工作已经先期完成，其下设七个司局，分别为综合司(外事司)、科技与法制司、安全监察司、运输监督管理司、工程监督管理司、设备监督管理司和人事司。
国家铁路局局长为陆东福；副局长为陈兰华、傅选义、朱望瑜、另一人尚未公布，可以确认的是1正4副局长全部来自原铁道部，其总工程师、安全总监、23名司级领导和行政机关的130名工作人员，也均来自原铁道部。
2013年铁路固定资产投资计划为6500亿元，其中基本建设投资5200亿元。2013年1-4月，铁路固定资产投资为1109.03亿元，比上年同期增加213.05亿元，同比增加23.8%；其中，基本建设投资895.86亿元，比上年同期增加178.76亿元，同比增加24.9%。2013年一季度铁路总公司总资产为4.56万亿元，负债合计2.84万亿元，负债率为62.31%。
